Con la declaración de ZEC se garantiza el mantenimiento o el restablecimiento, en un estado de conservación favorable, de los tipos de hábitats naturales y de los hábitats de las especies silvestres de la fauna y de la flora de interés comunitario y asegura la supervivencia y reproducción en su área de distribución de las especies de aves silvestres y especies migratorias garantizando la conservación de la biodiversidad en el territorio europeo

En sucesivos Consejos de  Gobierno se declararon seis Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y se propusieron 52 espacios para ser designados como Lugares de Importancia Comunitaria (LIC). Esta propuesta se elevó a la Comisión Europea, que aprobó la Lista de Lugares de Importancia Comunitaria (LIC), correspondientes a las regiones biogeográficas atlántica y mediterránea respectivamente, a las cuales pertenece la Comunidad Autónoma y entre los que se encontraba el de Aizkorri-Aratz (ES2120002).

El Decreto declara Aizkorri-Aratz Zona Especial de Conservación de la Red Natura 2000 y aprueba aquella parte de las medidas de conservación que deben acompañar a esta declaración en tanto que ZEC, junto con la fijación de sus límites, cuya competencia corresponde al Gobierno Vasco. En un momento posterior, y tras la remisión, por parte de las Diputaciones Forales de Araba/Álava y Gipuzkoa, del PRUG del Parque Natural, el Gobierno Vasco procederá a la aprobación de la parte normativa de dicho Plan y ordenará la publicación de todo el instrumento en el BOPV.

En Aizkorri-Aratz se ha constatado la presencia de al menos 24 tipos de hábitats de interés comunitario, de los que cinco presentan carácter prioritario. El lugar acoge, al menos, dos especies de flora y 11 especies de fauna incluidas en la Directiva Hábitat así como seis especies más siendo destacable la presencia de, al menos, 20 especies de aves. Esta casuística particular de Aizkorri-Aratz hace conveniente la elaboración de un proyecto de Decreto específico para esta zona de montaña.

Montaña

Aizkorri-Aratz constituye una de las principales áreas de montaña de la Comunidad Autónoma del País Vasco. Destaca el paredón rocoso que se extiende entre los montes Aratz y Aloña en el que se alcanzan las mayores altitudes del País Vasco. Muestra una gran variedad de manifestaciones kársticas y conserva importantes extensiones de bosques autóctonos y pastizales. El origen kárstico de esta zona ha configurado una orografía abrupta con presencia de cantiles, cuevas y laderas de alto valor paisajístico y natural.

Algunos enclaves higroturbosos, como el esfagnal-turbera de Arbarain, albergan flora muy estimable por su rareza. En conjunto, Aizkorri-Aratz, gracias a su variedad de hábitats, acoge numerosas especies de flora amenazada: Narcissus asturiensis, Narcissus varduliensis, Carex hostiana, Hugueninia tanacetifolia, Lathyrus vivantii, Silene ciliata, Sorbus hybrida y Viola biflora, entre otras.

La ganadería extensiva, la extracción de madera, la caza y el turismo de naturaleza son las actividades más características del espacio, que es una de las áreas más importantes de la CAPV para el pastoreo de oveja latxa, a la que acompañan el ganado vacuno y el equino. El pastoreo ha generado un paisaje humanizado de alto valor natural y social con numerosas bordas o "saroiak".  Los prados y pastos y brezales se mantienen gracias a la actividad ganadera que impide que estas formaciones vegetales evolucionen hacia etapas más maduras de su serie de vegetación. El uso público es intenso ya que el lugar es frecuentado por numerosos excursionistas, de Gipuzkoa y Álava principalmente.